隋唐時(shí)期，南京的城市地位一落千丈，鐘山和玄武湖也都被冷落，大書(shū)法家顏真卿任昇州刺史時(shí)，一度改玄武湖為“放生池”。不少著名詩(shī)人如李白、杜牧、韋莊、李商隱等則面對(duì)玄武湖地位的滄桑巨變大發(fā)感慨，如李白有“空余后湖月，波上對(duì)江州”之句。到南唐時(shí)期，玄武湖一度復(fù)興，以致南唐大臣馮謐貪戀湖中“名目勝境，掩映如畫(huà)”，而向皇帝提出能否將湖贈(zèng)給他為私園的請(qǐng)求，此事因遭到徐玄的阻止而作罷。南唐時(shí)期的鐘山同樣也得到朝廷的重視，后主李煜在這里建“報(bào)慈道場(chǎng)”，權(quán)臣李建勛于鐘山大興亭榭，而且自稱(chēng)“鐘山公”，其妻還自稱(chēng)“鐘山老媼”。兩宋至元代近400年間，鐘山及玄武湖均因遠(yuǎn)離城市而未受重視，這一時(shí)期，南京城的北城墻在今珠江路以南一線（今北門(mén)橋是當(dāng)時(shí)的城墻北門(mén)所在），鐘山、玄武湖都在東、北郊一帶，尤其是玄武湖，在北宋年間，一度還被江寧府尹王安石“廢湖為田”，直到元代1301—1343年間才逐漸蓄水還湖，此間長(zhǎng)達(dá)200多年，復(fù)活后的玄武湖面積比之六朝時(shí)期已大為縮小。
鐘山和玄武湖的第二次真正復(fù)興應(yīng)是在明代。明代對(duì)這兩片區(qū)域有三個(gè)重大影響，一是把這兩個(gè)區(qū)域分別建成了“禁區(qū)”，鐘山成為洪武帝朱元璋的陵寢所在，整個(gè)鐘山周?chē)蚤L(zhǎng)20多公里的紅墻作為界隔，又以數(shù)千軍人組成的“孝陵衛(wèi)”駐守保衛(wèi)，任何閑雜人等不得進(jìn)入陵區(qū)；玄武湖則于洪武初年成為貯存全國(guó)人口、田畝檔案（時(shí)稱(chēng)“黃冊(cè)”）的“黃冊(cè)庫(kù)”所在，也一律禁止民眾入內(nèi)，時(shí)人無(wú)可奈何寫(xiě)詩(shī)說(shuō)“為貯版圖人罕到，只余樓閣夕陽(yáng)低”；在玄武湖東北側(cè)還建有刑部以及三法司等中央法律、監(jiān)獄機(jī)構(gòu)。二是把京師城墻建到鐘山腳下和玄武湖南岸、西岸一側(cè)，使鐘山、玄武湖與主城區(qū)及覆舟山、雞籠山之間多了一道無(wú)法逾越的高墻，徹底改變了六朝以來(lái)南京城市北部的山水相連的視覺(jué)景觀，同時(shí)，也阻斷了玄武湖此前與長(zhǎng)江的連通，使玄武湖的水面進(jìn)一步縮小。三是在鐘山和玄武湖結(jié)合部建太平門(mén)一座，為了出城行走方便，又在太平門(mén)外建“太平堤”（后稱(chēng)鴣棲埂、孤凄埂，今成為龍?bào)绰芬欢危�，將玄武湖緊貼鐘山西麓的一片湖面隔為“中湖”（現(xiàn)“中湖”之遺跡還保存于白馬公園內(nèi)），從而徹底把原先連綿一片的鐘山——玄武湖區(qū)域人為分成兩地，改變了此前這一地區(qū)千萬(wàn)年以來(lái)的山水格局。
改朝換代之后的有清一代，玄武湖、鐘山都不再作為皇家禁區(qū)，鐘山除明孝陵寢區(qū)還受清廷維護(hù)外，其他地區(qū)任人拆墻砍樹(shù)，以致于到晚清時(shí)，20多公里的孝陵墻已幾乎不見(jiàn)片瓦，鐘山上下也是一片光禿，太平天國(guó)戰(zhàn)爭(zhēng)時(shí)還把孝陵的所有木結(jié)構(gòu)建筑悉數(shù)焚毀。玄武湖也逐漸變成農(nóng)民和漁人的耕、獵之所。
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