宋朝的書院不僅數(shù)量龐大，名聲顯赫，而且還形成比較成熟的規(guī)章制度。如在管理上，設(shè)置了山長、洞主、院長、堂長等職，負(fù)責(zé)書院管理和教學(xué)工作。書院的教學(xué)理念也已經(jīng)形成。如朱熹在在白鹿洞書院頒布了《白鹿洞書院揭示》，成為了書院的宗旨，影響深遠(yuǎn)。
另外，該時期的書院開始被納入了官學(xué)的體系。首先，國家也十分支持書院的發(fā)展，設(shè)置了“學(xué)田”用來作為書院的經(jīng)費(fèi)。如此，許多書院就成為了官方控制的教育機(jī)構(gòu)。第二，部分書院的主人將書院捐贈給國家，以謀求一官半職，這樣一些書院就成為了官方的書院。實際上，各個書院所的講的內(nèi)容基本都是儒家的經(jīng)典，因此書院所宣傳的思想和官方的思想也是一致的，這也就是書院官學(xué)化的一個重要因素。
元朝時期，忽必烈等對書院采取了保護(hù)政策，使得書院繼續(xù)保持繁榮的局面。根據(jù)統(tǒng)計，元朝的書院有408所，其中新建的有134所，其中代表為太極書院。在對書院進(jìn)行保護(hù)的同時，也加強(qiáng)了書院的控制，主要表現(xiàn)于三大方面：一是官方任命書院的主要職位，其考核也必須經(jīng)過官方；第二，學(xué)生的來源，以及去向，被國家控制，并且納入了科舉體系；第三，加大對“學(xué)田”的授予，加強(qiáng)了書院對官方的依賴性。元朝的書院的教學(xué)內(nèi)容也主要是理學(xué)，這和元朝將理學(xué)封為官方學(xué)問是關(guān)聯(lián)的。
三、明清時期，書院的曲折發(fā)展
明朝前期的130年間，書院教育出現(xiàn)了衰落的現(xiàn)象，其主要原因有：一，明朝官方加強(qiáng)了對思想的控制，屢興文字獄，造成了民間學(xué)術(shù)活動凋零；第二，明朝加強(qiáng)了官學(xué)和科舉制度的建設(shè)，使之成為一個十分嚴(yán)密的體系。明朝還規(guī)定“科舉必由學(xué)�！�，如此文人想進(jìn)入仕途就必須通過官學(xué)。第三，明朝統(tǒng)治者不重視、不提倡、不鼓勵書院教育，如白鹿洞書院在元末毀于戰(zhàn)火，一直到1438年才重建，荒廢了87年。當(dāng)然，明朝前期書院的數(shù)量還是在不斷增加，只是書院的學(xué)術(shù)水平已經(jīng)大大下降了。
明朝后期，書院教育又復(fù)興了起來。其主要的原因有如下：第一，明朝政治腐敗，宦官專權(quán)，許多士大夫便設(shè)立書院議政國事。這也導(dǎo)致該時期的書院有特別強(qiáng)的政治色彩。第二，由于長期堅持八股取士，導(dǎo)致科舉制走向了僵化。加上政治腐敗，官學(xué)也被腐化了，其治學(xué)水平嚴(yán)重下滑。許多士人只是將官學(xué)作為取得考試資格的途徑。第三，明朝后期的湛若水、王陽明等學(xué)者大力倡導(dǎo)、興辦書院。明朝時期書院最繁榮的時代是嘉靖時期和萬歷時期。
但是明朝的書院并未真正得到健康的發(fā)展，其命運(yùn)十分曲折。在明朝后期，出現(xiàn)了四次禁毀書院的事情：第一次是1537年下令毀掉湛若水創(chuàng)立的書院；第二次是1538年“毀天下書院”；第三次是1579年張居正“詔毀天下書院”；第四次是1625年“毀天下東林講學(xué)書院”，許多書院都被當(dāng)做東林黨講學(xué)之地而被毀滅了。這四次毀滅書院的行為，是明朝加強(qiáng)思想控制的表現(xiàn)，這體現(xiàn)出在君主專制不斷強(qiáng)化的時代，民間的思想也被束縛得越嚴(yán)格。
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