位于大修道院中央的圣母安息大教堂是1585年在伊凡四世（雷帝）的命令下修建的。在4個(gè)洋蔥頭型的藍(lán)色圓頂中央，有一個(gè)金色的大圓頂，這是克里姆林宮圣母安息大教堂的翻版。這座教堂是為紀(jì)念俄軍在喀山和阿斯特拉罕戰(zhàn)勝韃靼人而建的。教堂內(nèi)安放著曾任莫斯科牧首的圣人的圣骸——圣斐剌芮德（1876年）和圣因諾肯提（1879年）。而圣母安息教堂的門口左前方還有沙皇鮑里斯·戈東諾夫的陵墓。
教堂前面的紅色水井小禮拜堂建于17世紀(jì)末，選址在圣母安息大教堂門廊前涌泉之上。左邊是1872年修建的華美的圣水亭，據(jù)說這口泉水能治百病，最初一位瞎眼修道士因這圣水而重見光明，此后數(shù)以萬計(jì)的朝圣者用這圣水來醫(yī)治與安撫自己的痛楚。圣水亭有著華麗的半球狀穹頂，罩在藍(lán)白相間的圓柱之上。亭子里有一個(gè)碗狀的水池，當(dāng)中是一個(gè)十字形噴頭，水是從小禮拜堂接過來的。
17世紀(jì)末隨著修士人數(shù)的不斷增多，老食堂已經(jīng)無法滿足修士們的需要了。在1686-1692年間彼得一世下令修建了一座紀(jì)念圣謝爾蓋的巴洛克風(fēng)格的新餐廳，并被命名為“莫斯科之樓”，這就是長85米的齋堂教堂，它就像一艘豪華的大船，緩緩地駛過了幾個(gè)世紀(jì)的航程。這座矗立在高大穩(wěn)固的堆房上的漂亮建筑，與古代教堂幾無裝飾的白墻不同，齋堂仿佛被裹上了漂亮的花毯，棋盤格狀的多彩墻體，與雕刻繁復(fù)、盤繞著葡萄藤裝飾的白石柱、門窗飾框，以及墻頂貝殼形裝飾十分協(xié)調(diào)。面積達(dá)510平方米的大廳是俄拱頂無支柱支撐的最大的廳，用于節(jié)宴、盛大的禮拜和接見。教堂前面還有一座粉紅色的小教堂，稱為圣米赫伊教堂。
齋堂教堂的里面是一個(gè)鈍金打造的金殿，四壁都是圣徒畫像及宗教壁畫，正面布滿一整面墻的是五層的圣像壁，里面擁有76幅可以追述到16-17世紀(jì)的圣像。圣像壁中間的金門是沙皇和牧首的通道。圣像壁在東面，(基督教教義是人生來就是有罪的，因此要贖罪)它要求有罪的人從黑暗走向光明，從邪惡走向正義，接受神的召喚。里面供奉的圣像都是由當(dāng)時(shí)崇尚奢華的葉卡捷琳娜二世用紫金所鍍。
謝爾吉圣三一修道院在“混亂時(shí)期”（指俄16世紀(jì)末至17世紀(jì)初戰(zhàn)事不斷、紛亂迭起的時(shí)期）曾遭受災(zāi)難和毀壞，但它很快就恢復(fù)了元?dú)�，這主要靠來自貴族階層的慷慨奉贈(zèng)。到17世紀(jì)上半葉，圣三一修道院幾乎在俄國所有的縣都有自己的世襲領(lǐng)地。同時(shí)，修道院還開展積極的貿(mào)易活動(dòng)，在莫斯科、諾夫哥羅德、特維爾、下諾夫哥羅德等許多城市擁有自己的會(huì)館和商業(yè)網(wǎng)點(diǎn)，甚至有鹽井、鹽場、和漁場。當(dāng)時(shí)流行這樣一個(gè)說法：莫斯科有三大權(quán)勢者——沙皇、大牧首和圣三一修道院的財(cái)務(wù)主管。此外，圣三一修道院的長老還參加國君遺囑的起草、沙皇加冕典禮、外交接見等重大國事活動(dòng)。可以說，謝爾吉圣三一修道院的權(quán)位在17世紀(jì)已經(jīng)如日中天，其領(lǐng)地和收入與皇室相差無幾，成為國家重要的宗教、軍事和經(jīng)濟(jì)支柱。
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